٢/ تتولى مؤسسة الأغاخان ترميم الجامع منذ عدة أعوام، وهي مؤسسة مختصة بالعمارة الإسلامية، وتعطي جوائز سنوية في هذا المجال (ساحة الكندي، قصر طويق). إلا أنّ النقّاد والمختصين بالعمارة الفاطمية يرون في ترميم المؤسسة للجامع طمسًا لقيمته التاريخية، حيث أزالت لونه القديم واستبدلته بلون لا يعبر عن هويته التاريخية، ولم يبقى من آثاره السالمة سوى المأذنتين فقط.